Erkenkondu’nun kara kutusu Baron, emniyet güçleriyle girdiği çatışmada vurulur. Baron’u kurtarmak için öne atılan Hayri ise kendini feda eder. Erkenkondu örgütüyle ilgili tüm sırları bilen Baron’un vurulması sonrasında örgüt harekete geçer. Tüm ülkede geniş çaplı bir suikast hazırlı yapan örgüt mensupları, kendi kurdukları tuzağa düşerler... İşin peşini bırakmayan istihbarat güçleri, örgütün arkalarında bıraktıkları ipuçlarını değerlendirir. Emniyet güçleri, elde ettikleri bu bilgilerle zafere ulaşmayı başarırken, Erkenkondu ve Karakutu Baron’un sonu merak konusudur?

Karanlık güçler için çalışan Baron, Kaya Minik ve Azize, yapılan ani baskınlarla yakalanır ve nezarete atılırlar. Büyük bir hesaplaşmanın yaşanacağı mahkeme gününü bekleyen isimlere Avukat Arzu ile Pikeas’ta eklenir. Tüm isimlerin hesap vereceği mahkeme salonunda, bir hesaplaşma da Pikeas ile üstleri arasında yaşanır. Baron ise karanlık olaylarla ilgili gerçekleri açıklamaktansa intihar etmeyi tercih eder. Diğer yandan suçluların hesap veriyor oluşuna sevinen Necip amir, Yiğit, Memduh ve ekibinin morali ise, mahkemedeki gizli tanıklara düzenlenen suikast ile bozulur.

Baron, seçimleri erteletmek için çeşitli yollara başvurur. Başbakan’a düzenlenecek suikastın seçimlerin ertelenmesini sağlayacağını düşünür ve Başbakan’ın oy kullanacağı sandığa bomba yerleştirmek için birilerini görevlendirir. Dış güçlerden aldığı emirleri yerine getirmekten çekinmeyen Baron, bombanın patlatılması için talimat verir. Ancak son anda gelen bir haber, olayların istediği gibi gelişmediğini gösterir. Bunun üzerine örgüt içinde yeniden yapılandırmaya gidilir. Bu yapılanma sonucu Baron ile ilgili yeni kararlar alınır.

Pikeas’ın kaçırılmasının hesabını ekibe ödetmeye kararlı olan Arzu, Necip ile karşı karşıya gelir. Son kozunu oynayan Arzu, Necip’i yeneceğini zanneder. Ancak tam bu sırada Mazhar Bey ve ekibi tarafından ele geçirilir. Baron’un kendisini gözden çıkardığını anlayan Pikeas, devlete her şeyi itiraf etmeye karar verir. İlk itirafı ise, yapılacak olan seçimlerle ilgili olur. Olayı çözmek için Necip ve ekibi, harekete geçer ama birçok şey için geç kalınmıştır.

Pikeas’ın saldırısıyla sarsılan ekip, intikam için uygun bir zaman bekler. Ancak öfkesini dindiremeyen Yiğit, Mazhar Bey’e ve ekibe haber vermeden Pikeas’ı kaçırır. Uygun olmayan bir zamanda gerçekleşen bu eylem, sonrasında daha kötü olaylara sebep olur. Bu arada Memduh, çok önemli belgelere ulaşır. Büyük bir dikkatle belgeleri inceleyen Memduh, çok geniş çaplı bir eylem planının ipuçlarını ve başbakanın ziyaret edeceği bazı adreslerin yazılı olduğunu fark eder.

Pikeas, son kozunu oynar. Ülkede güvensizlik ortamı oluşturmak için önemli bir isme düzenlemeyi planladığı suikastı bizzat gerçekleştirir. Kendisini destekleyen karanlık güçlerin güvenini yeniden elde etmek için, her şey kusursuz olmalıdır. Artık hata yapma lüksü yoktur. Tüm ekibin bir arada olmasını fırsat bilen Pikeas, hiç tereddüt etmeden tetiğe basar. Ancak Leyla, Yiğit’i korumak için kendini feda eder. Kurşunların isabet ettiği Leyla’yı yerde gören Yiğit, intikam için, Memduh ile birlikte hareket etmeye karar verir.

Çıkartılan yangında Mazhar Bey ve sevilen kanaat önderlerinden biri olan Abdülkadir Hoca zehirlenme tehlikesi geçirir. Ucuz atlatılan bu olayın ardından Memduh, her türlü tehlikeyi göze alır. Yiğit ise, Memduh’u kurtarmak için elinden geleni yapar. Karanlık güçler, ülkeyi daha da karmaşık bir döneme götürmek üzeredir. Bu sefer, eksiksiz bir plan yaparlar. Başbakan ile istihbaratın bir araya gelmesini fırsat bilerek ortalığı cehenneme çevirmeyi düşünürler.

Karanlık güçler, ülkedeki birlikteliğin bozulması için yine iş başında. İşlerinin zor olduğunu anlayan gruplar, yeni hedefler belirliyor. Halkın güvenini kazanacak sahte imamlar yetiştirerek huzuru bozmaya çalışırlar. Bu oyunun farkında olan Mazhar Bey, ekipten Yiğit’i görevlendirir. Ajan olarak sahte imamların arasına girer ancak planı fazla uzun ömürlü olmaz. Halkın çok sevdiği bir kanaat önderi öldürülür ve suç devlete kalır...

Hastanede tutuklu halde bulunan Pikeas, kaçmayı başarır. Öğrendiği bazı gerçekler karşısında, planlarını değiştirmek zorunda kalır. Çünkü artık Memduh’un, onun kirli işlerine alet olmayacağını anlar. Kendilerine ihanet ettiğini düşündükleri Memduh’un aslında Mazhar Bey ile çalıştığını öğrenen Yiğit ve Amir Necip, şaşkınlıklarını gizleyemez. Ancak Pikeas, Memduh’u kaçırır ve rehin alır. Amacı Yiğit’i planlarına ortak etmeye çalışmaktır.

Kızının ölümü ile ilgili gerçekleri öğrenen Sinan, artık sadece intikam için yaşar. Damadı Amir Necip’e bir not bırakarak Baron ve Arzu ile buluşur. Onları öldürmek için plan yapan Sinan, hiç ummadığı bir anda sürpriz bir isim tarafından durdurulur. Amir Necip ve ekibi ise, çok geç olmadan Sinan’ı takibe başlar. Bu arada Barut, bir yandan Mazhar Bey’in talimatlarını yerine getirirken bir yandan da Yiğit’i kızdıracak davranışlarda bulunur. İyice çileden çıkan Yiğit, ilk gördüğü yerde Barut ile hesaplaşmaya karar verir.

Amir Necip ve ekibi, tutukluları hapishaneye götürmek için yola çıkarlar. Memduh ise, bu yolculuğu takip eder ve bir trafik kazası organize eder. Amacı, tutuklular arasında bulunan Baron’u kaçırmaktır. Planını gerçekleştiren Memduh, sonunda Baron’u kaçırır. Kazada yaralanan Yiğit ise, Memduh’un yaptıklarına bir anlam veremez. Bu arada, Sinan kızının intikamını almak ister. Sinan’ı saklandığı yere çağıran Baron aslında, farklı şeylerin peşindedir. Necip ise bu kargaşa ve telaş arasında eski günleri yadetmek için tüm ekibi akşam yemeğine davet eder

Karanlık güçler, yasa dışı isteklerini devlete kabul ettirmek için akıl almaz yollara başvururlar. Masum öğrencilere tuzak kuran işbirlikçiler, çirkin yüzlerini tüm ülkeye gösterir. Mazhar Bey ve ekibi, yaşanan acıların tekrarlanmaması için, yakın takibe başlar. Fakat kendilerini bekleyen tehlikeden habersizdirler. Gerçekleri öğrenen Nurbanu ise, intikam almak için Arzu’yu zehirler. Nefes almakta zorlanan Arzu ile yüz yüze gelen Nurbanu, yaptığının büyük bir suç olduğunun farkına varır ve bu zor durumu atlatmak için babasına sığınır.

İstihbarat binasına düzenlenen saldırı herkesi şok eder. Tüm delillerin yok olması Amir Necip ve Yiğit’i zor durumda bırakır. Ancak Mazhar Bey’in ekibindeki polisler için bir sürprizi vardır. Bu arada Arzu, Memduh’un değiştiğine bir türlü inanmaz. Memduh’u gizlice takip eder ve düşüncelerinde haklı olduğunu anlar. Nurbanu ise, annesinin katilinin kim olduğunu öğrenmek üzeredir. Aylarca babasıyla konuşmayan Nurbanu, nihayet gerçeklerle yüzleşecektir.

Karanlık güçlerin hedefindeki Zeki Yahya, kendine hazırlanan komplolar yüzünden baktığı davadan çekilmek zorunda kalır. Bu yüzden dava ile ilgili deliller başka bir savcıya emanet edilir. Amir Necip ise, eşini Arzu’nun öldürdüğü ile ilgili delillere ulaşır. Bu delilleri mahkemede kullanmayacak olan Necip, Sinan’a kendi kızının katilini açıklamaya karar verir. Sinan, bu acı gerçeğin kanıtı olan ses kaydını dinler. Bu arada Baron ve Kaya Minik, istihbarat ile ilgili derin planlar yaparlar. Ya suçüstü yakalanacaklar, ya da başarılı olacaklar.

Gerçeği öğrenen Yiğit, Leyla ile yüz yüze gelmeye hazırdır. Leyla’yı bir türlü affedemeyen Yiğit, artık onunla aynı yerde çalışamayacağını anlar. Mazhar Bey’in nasihatleri ise Yiğit’in kafasını karıştırır. Bu arada ülkedeki huzuru bozmak isteyen karanlık güçler ise, Zeki Yahya’yı hedef alır. Zeki Yahya’yı yok etmek için hazırlık yapan Arzu, haince bir plan hazırlar. Memduh ise, Arzu’yu zor durumda bırakacak çalışmalarda bulunur. Aralarında geçen konuşmaları duyan Amir Necip’in hayatında birtakım değişiklikler olur.

Pikeas, bildiği bazı gerçekler ile ilgili Leyla’yı tehdit eder. Her şeyi Yiğit’e söyleyebileceğini ima eder ve bu konuda kararlı olduğunu belirtir. Bu durum karşısında risk almak istemeyen Leyla, adam tutarak Pikeas’a gözdağı verir. Kişisel meseleler yüzünden, istihbarat servisi oldukça zor durumda kalır. Sorgulanmak için alınan birinin yaralanmasını, birileri devlet aleyhine kullanmak ister. Mazhar Bey, bu kritik olayın sorumlusunu bulup cezalandırmak için harekete geçer. Memduh ise, Yiğit’i engelleyebilmek için en can alıcı planını gerçekleştirmiştir. Fatih’i kaçırarak O’nu adeta can evinden vurmuştur. Bu olayı öğrenen Yiğit, oldukça öfkelenir. Fatih’i tekrar görebilmesi için kendisine bazı talepler iletilir. Köşeye sıkıştığını hisseden Yiğit, ya tüm delilleri yakıp yok edecek ya da Fatih’i bir daha göremeyecektir.

Hayatının en zor kararlarından birini vermek zorunda olan Yiğit, pes etmemeye kararlıdır. Eski meslektaşı tarafından tuzağa düşürülen Yiğit, yapılan tehdit ve şantajlara boyun eğmeyeceğini belirtir. Öfkesine yenilen Memduh, kendini kontrol edemez. Fatih’in gözlerinin önünde öldürülmesi, Yiğit’i şok etmiştir. Kendini büyük bir boşlukta hisseden Yiğit, Fatih’in yokluğuna alışamadan öğreneceği gerçeklerle iyice deliye döner. Gerçek dostunun kim olduğunu bir türlü anlayamaz ve oldukça zor günler geçirir. Bu arada Arzu, Memduh’a daha yakın olmaya başlar. Böylece artık O’nun hakkında farklı şeyler düşünmeye başlar. Leyla ise; kendisine verilen görevi başarıyla tamamlayamadığı için son derece üzgündür.

Siyasete iyiden iyiye ısınan Pikeas’a tüm yolları açmak için, çok önemli bir isme suikast düzenlenmiştir. Ülke gündemine bomba gibi düşen bu olay sonrasında Memduh ile Yiğit karşı karşıya gelir. Eskiden çok iyi arkadaş olan bu ikili, şimdilerde düşman olmuştur. Ancak Memduh, geri adım atmaya hiç niyetli değildir. Oldukça acımasızlaşan Memduh, farklı planlar peşindedir. Yiğit ve Amir Necip’in yakalanmasını sağlayarak onların işkence odasına alınması için çalışmaktadır. Köşeye sıkışan Yiğit ve Amir Necip’i oldukça zor anlar beklemektedir. Bu arada Azize’nin güzel sözlerle kandırdığı iki genç, tüm ekipmanlarını hazırlamışlardır. Hazırlanan hain planın bir parçası olduklarının farkında olmayan gençler, eylemin gerçekleşeceği günü beklemektedirler. Büyük bir sabırsızlıkla, bombalı plan için hazırlıklarını tamamlamaya devam etmektedirler. Rana’nın intikamını almaya kararlı olan Memduh, Arzu’ya ilk mesajı göndermiştir. Fakat aklında daha farklı bir şey vardır. Bunu gerçekleştirmek için, eski dostu Yiğit’i durdurması gerektiğini bilmektedir. O’nu ancak tek bir şey engelleyebilir. Bunun ne olduğunu çok iyi bilen Memduh, Yiğit’i can evinden vurmaya hazırlanır. Tüm bu olaylar olup biterken, hiç hesapta olmayan şeyler gerçekleşir. Hiç ummadığı biriyle karşılaşacak, geçmişte yaptıklarının hesabını verecektir.

Çok büyük bir eylem gerçekleştirmesi için birlikte hareket ettikleri kişiler tarafından kaçırılan Vatoz, artık hedeflerini büyütmüştür. Barut’tan aldığı talimatları eksiksiz olarak yerine getiren Vatoz, planlarını tamamlamak üzeredir. Yaptığı plan, hiçbir sorun yaşanmadan gerçekleşirse, ülke gündemi şok bir olayla sarsılacaktır. İnsanların devlete olan güvenlerini azaltacak hatta yok edecek bu hain planı öğrenen Yiğit ve Amir Necip, eylemi engellemek için çalışmaktadırlar. Ancak gizli bir isim, onları uzaktan adım adım takip etmektedir. Başbakanlık hayalleri kuran Pikeas’ın bu hedefinin gerçekleşmesi için bir kez daha üzücü bir olayın yaşanması gerekecektir. Siyaset dünyasından ülkesi için çalışan bir isme suikast düzenlenmesi kararlaştırılır. Sağlanmaya çalışan güven ortamı, bu planlar yüzünden hepten bozulacak, Pikeas için tüm kapılar açılacaktır.

Vatoz’u kaçıran kişinin kim olduğunu öğrenen Yiğit, şaşkına döner. Artık karşısında, hiçbir şeyi gözü görmeyen eskiden de tanıdığı bir isim vardır. Barut lakabıyla anılan bu kişi, silahını Necip’e doğrultur. Yiğit'in seslenmelerine ve tüm yalvarmalarına aldırmadan Necip'e kurşun yağdırır. Siyasete ısınmaya başlayan Pikeas ise, Başbakanlık hayalleri kurmaya başlamıştır. Bu hayallerin peşinden giderken kendi sonunun hazırlandığının farkında değildir. Hayri ve Atıf, her şeyin yolunda gittiğini düşünen Pikeas'a ölümcül bir darbe indirir. Bu arada karanlık güçler, üniversitedeki gençleri örgütlemeye başlamıştır. Hazırladıkları yumurta eylem planını uygulamaya karar verirler. Gizemli isim Taşkın ise, Baron'un mekanına girmiştir. Mekanı dinlemeye alan Taşkın'ın ölüm fermanı, Barut tarafından verilir.